Nama GKJ Danukusuman sebenarnya sudah ada pada tahun 1929 (Pasamuwan Kristen Jawi Danukusuman).

• Periode 1915-1917 :

Di Solo sebelah selatan, telah ada beberapa orang Kristen dan simpatisan. Mereka sering mengadakan persekutuan orang Kristen di tempat rumah salah seorang bangsa Tionghwa yang terletak di sebelah Timur SD Gemblegan. Pertemuan-pertemuan dan kebaktian itu dipimpin oleh Bp. Petrus Dutokaryono dari Margoyudan, seorang kolpotir (penjual buku-buku Kristen pegawai Zending).

• Periode 1917-1919 :

Di kampung Jogosuran didirikan persiapan Sekolah Dasar Kristen oleh Zending (Christelyke Standaards School). Adanya persiapan SD ini, tempat kebaktian kelompok Gemblegan pindah ke SD Jogosuran. Pimpinan dan pemeliharaan kelompok masih tetap Bp. Petrus Dutokaryono yang ketika itu telah diangkat menjadi guru Injil oleh Zending.

• Periode 1919-1928 :

Tahun 1920an, gedung SD Zending dibangun di kampung Danukusuman. Tahun 1921 selesai dan diresmikan pemakaiannya. Kelompok Kristen Jogosuran turut pindah ke Danukusuman dan kebaktian hari Minggu menempati ruang kelas paling Barat (gedung gereja sekarang). Mulai diadakan katekisasi dan Sekolah Minggu bagi anak-anak di kelas SD Zending Danukusuman.

• Periode 1928-1930 :

Kelompok Danukusuman telah agak besar dan kuat. Pengunjung kebaktian sudah 50 orang. Ruang sekolah terasa sempit. Dua rencana yang perlu:

Kelompok Danukusuman, merasa telah perlu bisa berdiri sendiri, tidak menjadi bagian dari jemaat Margoyudan; maka jemaat Danukusuman berbiak/ mandiri. Jemaat Danukusuman perlu mempunyai gedung gereja sendiri.P

• Periode 1930-1939 :

Memasuki tahun 1930 jemaat makin maju berkat usaha-usaha zending yang makin produktif, seperti adanya penyebaran selebaran “Mardirahardjo” (bahasa Jawa). Selebaran dari Nederland (bahasa Belanda) “de Zaaler.” Pengunjung gereja pada hari Minggu makin banyak (60-75 orang). Guru Injil ditambah satu orang Bp. S. Purnohadikawahyo, majelis mulai memikirkan dan mencari tempat lain yang lebih luas dari gereja sekarang. Kemudian mendapat sebidang tanah (tempat gedung Gereja Joyodiningratan sekarang) atas nama Bp. Darmosumarto/ Bp. Darmorahardjo, anggota majelis ketika itu. Dengan bantuan Zending (Dr.Van Elyck) dibangunlah gedung gereja dengan biaya seluruhnya, lengkap dengan isinya. Tahun 1939 diresmikan pembukaannya dengan lambang tahun sangkalan “Trus Uninga Wiwara Mring Gusti.” Mulai saat itu pula berganti nama jemaat Kristen Danukusuman menjadi “Jemaat Kristen Joyodiningratan.” Para warga yang berada di wilayah Danukusuman kemudian berjemaat di Jemaat Kristen Joyodiningratan itu.

• Periode 1939-1978 :

Perkembangan jemaat wilayah Danukusuman juga mulai subur dan banyak anggotanya. Tanggal 11 Februari 1968 bekas tempat kebaktian di Danukusuman dipergunakan lagi dan kelompok Danukusuman menjadi pepanthan GKJ Joyodiningratan.      Perkembangan pepanthan Danukusuman makin pesat dan menampung umat Kristen dari berbagai wilayah. Misalnya dari Semanggi, Joyosuran, Dawung Wetan, Danukusuman sendiri, serta dari daerah-daerah di sekitar Danukusuman. Tahun 1971 jemaat pepanthan Danukusuman mulai disiapkan kedewasaannya. Dimulai dari penertiban warga wilayah, tata usaha atau administrasi sendiri, keuangan dikelola sendiri, dan akhirnya penggembalaan warga dilakukan oleh warga majelis yang ada di wilayah Danukusuman. Sekitar akhir tahun 1977 nampak sudah segala persiapan untuk dewasa. Tanggal 11 Februari 1978 (10 tahun sesudah menjadi pepanthan) jemaat pepanthan Danukusuman didewasakan oleh Gereja Kristen Jawa Joyodinigratan menjadi GEREJA KRISTEN JAWA DANUKUSUMAN. Karena belum mempunyai pendeta sendiri, maka masih dibimbing oleh Ds. (Domené) Soeharno Pranotosoewignyo sebagai pendeta Konsulen. Dengan demikian Ds. Soeharno Pranotosoewignyo diperkenankan tetap membimbing GKJ Danukusuman sebagai konsulen sejak didewasakan 11 Februari 1978 sampai dengan ditahbiskannya Pdt. Sukirno, BA tanggal 7 Januari 1984.

• Periode 1978-2003 :

Bapak Sukirno, BA dipersiapan menjadi pendeta mulai tahun 1981, kemudian tanggal 17 September 1983 diuji (ujian peremtoir) di tengah persidangan Kontrakta GKJ Klasis Sala yang bertempat di GKJ Gandekan Sala Timur, yang berhasil lulus dengan baik. Selanjutnya Pendeta Sukirno, BA beserta keluarga bertempat tinggal di gedung pastori (rumah dinas pendeta sekarang) karya warga GKJ Danukusuman sendiri.

• Periode 2003 – Sekarang

Oleh karena kemurahan dan berkat kasih karunia-Nya, pada tanggal 8 September 2002 secara demokratis telah diadakan pemilihan bakal calon pendeta atas diri Sdr. Uri Christian Sakti Labeti, S.Si yang sebelumnya telah menjalani masa orientasi selam tiga bulan (19 Mei-19 Agustus 2002).  Pada hari Jumat 16 Mei 2003 dalam Sidang Kontrakta GKJ Klasis Sala yang bertempat di GKJ Danukusuman menguji calon pendeta atas diri Sdri. Wahyu Purwaningtyas, S.Si calon pendeta GKJ Nusukan dan Sdr. Uri Christian Sakti Labeti, S.Si calon pendeta GKJ Danukusuman. Keduanya berhasil dengan memuaskan dan layak ditahbiskan untuk menjadi pendeta.